Таможенные органы Приднестровской Молдавской Республики образованы в соответствии с Постановлением Верховного Совета Приднестровской Молдавской Республики №221 "О совершенствовании структуры органов государственного управления ПМР" от 8 сентября 1992 г.

На основании Указа Президента ПМР (№502 от 18 сентября 1997 г.) 1 октября установлен Днём образования таможенных органов республики. В соответствии с требованиями международного права утверждены флаг и эмблема таможенных органов ПМР.

Деятельность современной приднестровской таможенной службы начиналась в 1992 г. с создания необходимых структур. На таможенные органы были возложены функции по защите экономических интересов республики; по начислению и взиманию таможенных платежей; по борьбе с контрабандой и нарушениями таможенных правил и др. Деятельность таможенных органов сконцентрирована в следующих направлениях:

- формирование доходной части государственного бюджета;
- совершенствование работы по пресечению и выявлению таможенных правонарушений;
- внедрение современных технологий таможенного оформления и контроля;
- оснащение таможенных органов современными техническими средствами;
- содействие развитию сотрудничества с таможенными органами других стран.

В 1993 г. Правительством республики были приняты организационные документы (в т.ч. Положение о Государственном таможенном комитете (ГТК), таможнях и таможенных постах, Положение о прохождении службы в таможенных органах), в которых определялся статус таможенных органов как правоохранительных и обозначался ещё более широкий круг их задач, обязанностей и функций. Был утверждён Дисциплинарный устав и введены персональные звания в таможенных органах ПМР.

В последующие годы происходило дальнейшее становление и реформирование таможенных органов. С конца 1995 г. начались работы по внедрению в таможенные органы компьютерной техники. Изменялась структура ГТК, оформилась концепция законодательной и нормативной баз.

10 марта 2000 г. было принято постановление Правительства ПМР №86 "Об утверждении "Основных направлений модернизации таможенной службы Приднестровской Молдавской Республики (2000 - 2003 годы)". Главной целью модернизации таможенной службы республики названо повышение эффективности практического исполнения таможенного дела на территории ПМР, всемерное содействие развитию внешней торговли.

15 апреля 2000 г. вступил в силу принятый Верховным Советом и утверждённый Правительством республики Таможенный кодекс ПМР. Он является не только сводом правовых норм. Его законодательные параметры определяют стратегический вектор развития приднестровской таможенной службы будущего - "таможни для торговли".

В 2000 г. Государственный таможенный комитет принял решение о создании собственной единой компьютерной сети (ЕКС). Было закуплено и установлено компьютерное оборудование для организации компьютерной связи между ГТК, таможнями, таможенными постами и таможенными пунктами пропуска.

В 2000-2002 гг. Государственный таможенный комитет уделил большое внимание обустройству помещений таможенных пунктов пропуска. Завершено строительство двух международных пунктов пропуска - "Первомайск" Тираспольской таможни и "Новый Гоян" Дубоссарской таможни. Эти ТПП соответствуют всем международным стандартам. Компьютерное оборудование, радиосвязь, мобильная связь, приборы обнаружения предметов, скрытых от таможенного контроля, создают условия для осуществления качественного таможенного контроля и оформления.

Указ Президента ПМР №114 от 7 февраля 2002 г установил вхождение Государственного таможенного комитета ПМР в структуру центральных органов исполнительной власти на правах самостоятельного ведомства со статусом министерства.