8 сентября 1992 г. – в соответствии с Постановлением Верховного Совета Приднестровской Молдавской Республики №221 "О совершенствовании структуры органов государственного управления ПМР" образованы Таможенные органы Приднестровской Молдавской Республики.

В 1992 г. деятельность современной приднестровской таможенной службы начиналась с создания необходимых структур. На таможенные органы были возложены функции по защите экономических интересов республики; по начислению и взиманию таможенных платежей; по борьбе с контрабандой и нарушениями таможенных правил и др. Деятельность таможенных органов сконцентрирована в следующих направлениях:

- формирование доходной части государственного бюджета;

- совершенствование работы по пресечению и выявлению таможенных правонарушений;

- внедрение современных технологий таможенного оформления и контроля;

- оснащение таможенных органов современными техническими средствами;

- содействие развитию сотрудничества с таможенными органами других стран.

В 1993 г. Правительством республики были приняты организационные документы (в т.ч. Положение о Государственном таможенном комитете (ГТК), таможнях и таможенных постах, Положение о прохождении службы в таможенных органах), в которых определялся статус таможенных органов как правоохранительных и обозначался ещё более широкий круг их задач, обязанностей и функций. Был утверждён Дисциплинарный устав и введены персональные звания в таможенных органах ПМР. В последующие годы происходило дальнейшее становление и реформирование таможенных органов.

23 июня 1993 года - Постановлением Правительства ПМР № 162 созданы Тираспольская и Рыбницкая таможни.

С 1995 г. начались работы по внедрению в таможенные органы компьютерной техники. Изменялась структура ГТК, оформилась концепция законодательной и нормативной баз.

2 августа 1995 года - Постановлением Верховного Совета ПМР №669 Республиканское таможенное Управление преобразовано в Государственный таможенный комитет ПМР.

18 сентября 1997 года - Указом Президента ПМР № 502 установлен День образования таможенных органов ПМР - 1 октября. Утверждены флаг и эмблема таможенных органов ПМР.

15 мая 1998 года - специальным Постановлением Правительства ПМР № 120 организован ТПП «Дубоссарский мост».

8 июля 1998 года – Указом Президента ПМР № 245 «Об установлении таможенных пунктов пропуска на территории ПМР» закреплена организация большинства ТПП, в том числе крупнейших – «Новый Гоян» (Дубоссарской таможни) и «Первомайск» (Тираспольской таможни). Эти ТПП на сегодняшний день соответствуют всем международным стандартам. Компьютерное оборудование, радиосвязь, мобильная связь, приборы обнаружения предметов, скрытых от таможенного контроля, создают условия для осуществления качественного таможенного контроля и оформления.

10 марта 2000 года – принято постановление Правительства ПМР №86 "Об утверждении "Основных направлений модернизации таможенной службы Приднестровской Молдавской Республики (2000 - 2003 годы)". Главной целью модернизации таможенной службы республики названо повышение эффективности практического исполнения таможенного дела на территории ПМР, всемерное содействие развитию внешней торговли.

15 апреля 2000 года - вступил в силу принятый Верховным Советом и утверждённый Правительством республики Таможенный кодекс ПМР. Он является не только сводом правовых норм. Его законодательные параметры определяют стратегический вектор развития приднестровской таможенной службы будущего - "таможни для торговли".

12 июня 2000 года – Бендерский и Дубоссарский таможенные посты преобразованы в таможни в соответствии с утвержденной Президентом ПМР новой структурой ГТК ПМР.

24 августа 2000 года - Указом Президента ПМР № 346 Государственный таможенный комитет ПМР награждается Орденом Республики.

В 2000 г. Государственный таможенный комитет принимает решение о создании собственной единой компьютерной сети (ЕКС). Было закуплено и установлено компьютерное оборудование для организации компьютерной связи между ГТК, таможнями, таможенными постами и таможенными пунктами пропуска.

2 февраля 2002 года - Указом Президента ПМР №114 установлено вхождение Государственного таможенного комитета ПМР в структуру центральных органов исполнительной власти на правах самостоятельного ведомства со статусом министерства. В ведение ГТК ПМР переданы вопросы учета внешнеэкономической деятельности и реализации государственной политики в этой сфере.

29 сентября 2003 года – состоялась презентация официального сайта ГТК ПМР (www.customs.tiraspol.net).

30 сентября 2003 года - открыто новое здание Дубоссарской таможни ГТК ПМР.

12 марта 2004 года - Указом Президента ПМР № 115 реорганизована структура ГТК ПМР.

23 августа 2004 года - создана общественная организация «Общество физической культуры и спорта таможенных органов Приднестровья «Меркурий».

13 сентября 2004 года - в структуре ГТК ПМР создана Энергетическая таможня.

20 сентября 2004 года - Государственным таможенным комитетом учреждено государственное унитарное предприятие «Таможенный брокер».

1 октября 2004 года – на международном ТПП «Первомайск» Тираспольской таможни открыт современный грузовой таможенный терминал.

22 июня 2005 года – Указом Президента ПМР № 294 на ГТК возложены обязанности по осуществлению на границе государственного контроля в области обеспечения радиационной безопасности.

25 августа 2005 года - Указом Президента ПМР № 425 принята Программа развития таможенной службы ПМР на 2006-2008 годы, разработанная с учетом Рамочных стандартов ВТО по безопасности и облегчению мировой торговли.

24 ноября 2005 года – утверждена Концепция системы управления рисками в таможенных органах ПМР.

Май 2006 года – в ГТК начата работа по гармонизации таможенного законодательства Приднестровья с Российским таможенным законодательством.

11 января 2007 года - подписан Указ Президента ПМР «Об установлении таможенного пункта пропуска «Ротар» и выделении Государственному таможенному комитету Приднестровской Молдавской Республики земельного участка».

3 мая 2007 года – Указом Президента ПМР №331 учреждена юбилейная медаль «15 лет таможенным органам Приднестровской Молдавской Республики» и нагрудный знак «Заслуженный сотрудник таможенных органов Приднестровской Молдавской Республики».

1 октября 2007 года – торжества по случаю 15-летия образования таможенных органов ПМР.

8 ноября 2007 года - торжественная церемония открытия нового здания Бендерской таможни, являющейся структурным подразделением Государственного таможенного комитета ПМР.

29 ноября 2007 года - знаковая встреча представителей руководства таможенного комитета, начальников ведущих управлений ГТК и специалистов с директорами предприятий и начальниками отделов, занимающихся вопросами таможенного оформления. Была принята инициатива ГТК о создании Общественного консультативного Совета при ГТК ПМР.

1 января 2008 года – завершение тестирования информационно-справочной системы «КОНУС».

13 февраля 2008 года – делегация таможенной службы Приднестровья принимает участие в Дне дружбы, организованном Российской таможенной Академии Федеральной таможенной службы Российской Федерации.

11 апреля 2008 года – первое заседание Общественного консультативного Совета при ГТК ПМР, организованного по инициативе руководства таможенных органов республики.

За годы своего функционирования таможенная служба ПМР прошла через процессы реформирования и расширения функций, была приведена в соответствие с международными требованиями в таможенном деле. Несмотря на затяжную экономическую блокаду и таможенную войну, развязанную руководством Республики Молдова, приднестровские таможенники прилагают все усилия для соблюдения в своей деятельности мировых стандартов.

В организации деятельности таможенной службы Приднестровья учитываются главные принципы, сформированные Всемирной таможенной организацией в Рамочных стандартах безопасности и облегчения мировой торговли, в том числе, связанные с совершенствованием процедур контроля с целью повышения их оперативности и эффективности; с максимальным использованием современных технологий, чтобы товары проходили досмотр качественнее и быстрей; а также с осуществлением прямых контактов таможенной службы с экспортерами-импортерами товаров и услуг.

Сегодня в работу таможенных органов Приднестровья активно внедряются современные информационные технологии, позволяющие значительно повысить оперативность таможенного оформления грузов, прохождение их через пункты пропуска и улучшить качество обслуживания участников внешнеэкономической деятельности. На таможенных пунктах пропуска всех таможен используются и внедряются современные технические средства таможенного контроля, новейшее оборудование, в том числе и обеспечивающее эффективный радиационный контроль уже на этапе ввоза товаров на территорию Приднестровья. Совершенствуется работа правоохранительных подразделений таможенных органов. В целях борьбы с контрабандой оружия, наркотиков, противодействия торговле людьми и прочим преступлениям, приднестровские таможенники ведут ежедневную кропотливую работу по обеспечению контроля за соблюдением таможенного законодательства ПМР, основанного на принципах и нормах международного права.

Одним из приоритетных направлений в работе комитета остается тесное взаимодействие с участниками внешнеэкономической деятельности и создание благоприятных условий для внешней торговли. В рамках этой работы ГТК ПМР инициирует встречи с руководителями хозяйствующих субъектов ПМР, а также с представителями Союза промышленников, аграриев и предпринимателей Приднестровья, в ходе которых обсуждаются темы взаимодействия и сотрудничества таможенных органов с производственниками и бизнесменами, плотно взаимодействует с представительными и исполнительными органами власти, а также органами местного самоуправления.

Важным шагом на пути развития взаимодействия между таможней и бизнесом стало учреждение Общественного консультативного Совета при ГТК ПМР. Благодаря ему совместная работа стала носить паритетный характер, исключающий принятие односторонних решений в сфере внешнеэкономической деятельности. Совет позволил активизировать процесс поиска конструктивных решений тех вопросов, которые представляют взаимный интерес как для участников ВЭД, так и для таможенных органов, что в результате послужило содействию внешней торговле и производству в ПМР. В состав Совета вошли представители ГТК ПМР и хозяйствующих субъектов, занятых в сфере внешнеэкономической деятельности. Важным направлением работы Общественного консультативного Совета стало развитие конструктивного взаимодействия ГТК ПМР и деловых кругов республики в интересах дальнейшего совершенствования, ускорения и упрощения таможенного оформления и таможенного контроля, исключения случаев правонарушений в области таможенного дела, а также оперативного решения проблем, возникающих у участников внешнеэкономической деятельности и таможни.